Présentation des MOOCs "Recherche Reproductible"

Le 22 octobre de 14h à 15h

En distanciel

Konrad Hinsen et Arnaud Legrand, auteurs des deux MOOCs "Recherche Reproductible" hébergés sur la plateforme fun-mooc "Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente" et "Reproducible Research II: Practices and tools for managing computations and data" nous présenteront leur contenu, leur fonctionnement et les différences entre les deux !
Cette session se veut interactive aussi n'hésitez pas à venir poser toutes les questions !
Lien pour la visioconférence : https://univ-grenoble-alpes-fr.zoom.us/j/92393400807?pwd=YtDZwMoxqMVG46RAJ9e3YBBdPlo2Pa.1
Nous vous attendons nombreux !

Café Guix - "Installer et utiliser facilement et de façon reproductible ses logiciels avec Guix"

Le 15 octobre de 13h à 14h

En distanciel

Les cafés Guix reprennent cette année avec une première session animée par Pierre-Antoine Bouttier, UAR GRICAD, sur ce lien de connexion.
Si le monde des environnements logiciels vous paraît difficile d’accès mais que vous voulez mener vos expérimentations numériques dans un cadre le plus reproductible possible, cette session est pour vous. Nous découvrirons le gestionnaire d’environnements logiciels Guix, par rapport à ce que vous pouvez connaître, puis nous verrons, très concrètement, comment l’utiliser en quelques commandes, se comptant sur les doigts d’une main.

Pour rappel, le Café Guix est un lieu et un temps d'échange informel et francophone autour du gestionnaire d'environnement logiciel Guix. Étudiant-e-s, chercheuses et chercheurs, admin. système, IT support de labos ou de centre de calcul, tout le monde est le bienvenu dans ce rendez-vous mensuel d'une heure où l'on discutera de questionnements apportés par chacun sur Guix et sa pratique au sens large.
Vous trouverez toutes les infos concernant les Cafés Guix par ici (ainsi que l’adresse d’un mattermost dédié) : https://hpc.guix.info/events/2024/café-guix/.

Séminaire recherche reproductible : Reproductibilité de la vision par ordinateur basée sur l'apprentissage machine en bio-imagerie

Le 18 juin 2024

En distanciel

Dans le cadre des séminaires “Pour une Recherche Reproductible”, le réseau Recherche reproductible, Gricad, MaiMoSiNE et SARI vous proposent le prochain webinaire animé par David Rousseau, enseignant-chercheur à l'Université d'Angers où il pilote une équipe en vision par ordinateur appliquée en imagerie du vivant.
Toutes les informations sur ce séminaire sont disponibles sur le site du Réseau Grenoblois autour de la Recherche Reproductible.

Café Guix - "Les commandes guix time-machine et guix describe"

Le 28 mai de 13h à 14h

En distanciel

Cette session sera animée par Marek Felšöci, post-doctorant à l'INRIA et ICUBE, sur ce lien de connexion.

Dans Guix, les paquets logiciels, y compris Guix lui-même, sont mis à disposition à travers de ce que l'on appelle les canaux. Au fil du temps, l'offre de paquets dans ces canaux évolue. Les versions changent, de nouveaux paquets ou de nouvelles fonctionnalités Guix apparaissent, d'autres disparaissent. Par exemple, en 2021, il était possible de demander à Guix de créer un environnement logiciel avec le paquet Inkscape en version 0.92 en utilisant la commande =guix environment --pure --ad-hoc inkscape@0.92=. En 2024, le canal concerné ne propose plus la version 0.92 d'Inkscape et la commande =guix environment= a cédé sa place à la nouvelle commande =guix shell=.
Pour pouvoir réutiliser la ligne de commande et retrouver l'environnement logiciel d'origine, il nous faudrait retourner dans le passé. Impossible ? Pas pour Guix ! A l'occasion du prochain Café Guix, nous verrons comment utiliser sa machine à voyager dans le temps, la commande =guix time-machine=. Les canaux, qui sont en fait des dépôts git versionnés, permettent de garder la trace de leurs évolutions. A condition de disposer de la liste des canaux et de leurs numéros de révisions (commits) respectifs de l'époque, avec =guix time-machine=, il est alors possible de retourner exactement au bon moment en 2021. Bien qu'il soit possible d'approximer le bon repère temporel a posteriori, il est préférable d'en garder la trace depuis le début. Dans ce contexte, nous découvrirons également la commande =guix describe=.

Pour rappel, le Café Guix est un lieu et un temps d'échange informel et francophone autour du gestionnaire d'environnement logiciel Guix. Étudiant-e-s, chercheuses et chercheurs, admin. système, IT support de labos ou de centre de calcul, tout le monde est le bienvenu dans ce rendez-vous mensuel d'une heure où l'on discutera de questionnements apportés par chacun sur Guix et sa pratique au sens large.
Vous trouverez toutes les infos concernant les Cafés Guix par ici (ainsi que l’adresse d’un mattermost dédié) : https://hpc.guix.info/events/2024/café-guix/.

Transparency to Sustain Open Science Infrastructure

“Transparency to Sustain Open Science Infrastructure” est un nouveau projet porté par l'Université Grenoble Alpes et mis en oeuvre par l'unité GRICAD.
Il s’inscrit dans le contexte de la soutenabilité des infrastructures de la science ouverte (par exemple DOAJ, DataCite, OpenCitation, SoftwareHeritage, Dataverse, Research Organization Registry et bien d'autres).
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