Ainsi qu'il a été précisé dans la description du contexte et des objectifs de ces journées, l'atelier PROSPECTOM est structuré autour de trois axes centraux pour la recherche en protéomique. Chaque axe comporte deux exposés, une conférence et un tutoriel qui se déroulent en session plénière ainsi que deux sessions de travail spécifiques à chaque axe au cours desquelles seront présentées les contributions des participants. 

Axe 1 : Du spectre à la protéine : caractérisation des données et maîtrise des incertitudes
Animateurs : Thomas Burger (CEA/iRTSV) et Sylvain Bouveret (LIG/STEAMER)

Axe 2 : Analyse de grands réseaux biologiques et intégration des connaissances « omics »
Animateurs : Gilles Bisson (LIG/AMA) et Yves Vandenbrouck (CEA/iRTSV)

Axe 3 : Visualisation et navigation dans des masses de données dynamiques et multi-échelles
Animateurs : Renaud Blanch (LIG/IIHM) et Christophe Bruley (CEA/iRTSV)

Ces sessions de travail visent Ã©galement Ã  discuter des verrous scientifiques et technologiques en protéomique, ainsi que des moyens d'élargir la communauté à des chercheurs d'autres disciplines. En fonction des axes, différentes pistes seront explorées telles : la mise à disposition de base de données, la constitution de nouveaux groupes de travail dans le cadre des GDR (notamment I3), l'organisation de "Challenges" dans les conférences d'apprentissage, d'analyse des réseaux et de visualisation, etc ... Au terme de ces deux journées les propositions produites seront synthétisées puis présentées lors de la journée « Mastodons » de la Mission Interdisciplinarité du CNRS qui se tiendra le mardi 5 décembre 2012.